Стадия первичных клинических проявлений начинается с периода сероконверсии (иногда в самом начале диагностируют острую лихорадочную фазу). Следует отметить, что стадия II нередко предшествует наступлению сероконверсии. Клинические признаки острой фазы (часто имеют неспецифический характер) — выраженная интоксикация, слабость, лихорадка, боли в мышцах и суставах, катаральные явления (иногда в сочетании с сыпью на коже) со стороны верхних дыхательных путей, тонзиллит, полиаденит. Возможны преходящие нарушения деятельности ЦНС (от головных болей до острой обратимой энцефалопатии с потерей ориентации, памяти и нарушениями сознания).