Перед проведением высокоактивной антиретровирусной терапии (ВААРТ) всех пациентов с ВИЧ-инфекцией осматривает терапевт, невролог, оториноларинголог и офтальмолог для определения противопоказаний к назначению тех или иных препаратов. Кроме того, больных, употреблявших ранее или применяющих постоянно психоактивные вещества, направляют на консультацию к наркологу. Всех пациентов с лёгочной патологией, особенно при неэффективности антибактериальной терапии, осматривает фтизиопульмонолог. Консультации других специалистов осуществляют по показаниям, в зависимости от выявленной патологии (вторичных или сопутствующих заболеваний), для определения объёма дополнительных обследований или решения вопроса о переводе больного в узкоспециализированное отделение или стационар.

При постановке диагноза указывают нозологическую единицу заболевания — ВИЧ-инфекция по МКБ-10. затем — стадию ВИЧ-инфекции, фазу и вторичные заболевания. Если на фоне ВИЧ-инфекции хотя бы одно из вторичных заболеваний имеет степень проявления, соответствующую критериям синдрома приобретённого иммунодефицита, то после фазы заболевания указывают СПИД.