Метод непрямой иммунофлюоресценции (РНИФ — реакция непрямой иммунофлюоресценции) обладает рядом преимуществ по сравнению с РИФ: возможностью определения антигенов и антител, большой чувствительностью и доступностью, так как с помощью одной меченой антиглобулиновой сыворотки можно обнаружить различные бактериальные и вирусные антигены.

При определении антигена на исследуемый препарат наносят диагностическую кроличью сыворотку. Образовавшийся комплекс «антиген-антитело» после отмывки от несвязавшихся антител визуализируют с помощью меченной флюорохромом антиглобулиновой (к иммуноглобулинам кролика) сыворотки. Для выявления антител на готовый тест-мазок наносят сыворотку крови больного, после отмывки комплекс «антиген-антитело» выявляют с помощью антиглобулиновой (к иммуноглобулинам человека) сыворотки.

Определение антител в сыворотке крови пациента в РНИФ используют для диагностики геморрагической лихорадки с почечным синдромом (ГЛПС), РНИФ с выявлением антигена в клиническом материале — для диагностики заболеваний, передающихся половым путём.